Несмотря на генеральский статус, Щепихин в Омске столкнулся со сложностями в обеспечении себя и супруги продуктами, одеждой и даже жильем. Супруга генерала в период его службы в Южной армии вернулась в Омск, жила в вагоне Щепихина, откуда ее выселили, когда связь с Южной армией пропала (что, вероятно, усугублялось известиями о массовых сдачах белых в плен на Южном Урале). Затем свой вагон ей предоставил друг Щепихина генерал С. Н. Войцеховский. Денег у нее не было, приходилось продавать вещи и влезать в долги.

Высокий чин приехавшего супруга не облегчил положение. 29 октября 1919 г. генерал записал в дневнике: «Мой личный адъютант каждый вечер таскает с солдатами охапки дров из чужого склада. С продуктами и того хуже: единственное спасение питаться всякой дрянью в ресторане.

Одеться было так дорого, что все надежды я возлагал на магазин „Вольного экономического офицерского общества“… Говорили, что надо где-то кого-то „подмазать“, но ведь не мог же я, в самом деле, прибегать к подобным мерам»[57].

27 октября 1919 г., согласно послужному списку, Щепихин был назначен начальником штаба Омской отдельной группы войск под командованием генерала С. Н. Войцеховского. Последний, будучи боевым товарищем Щепихина, пригласил его к себе на службу в штаб. 10 ноября Щепихин стал начальником штаба Сибирской группы армий, которая 15 ноября была переименована во 2-ю армию. Во время последовавшего отступления Щепихин принял участие в Сибирском Ледяном походе в Забайкалье. В период похода беременная супруга Щепихина потеряла ребенка.

К этому времени относится предположительно связанный с именем Щепихина инцидент[58]. В городе Татарске, где при эвакуации белых творился хаос, исполняющим обязанности начальника гарнизона подпоручиком И. А. Михеевым и начальником уездной милиции Н. И. Степановым 18–19 ноября были расстреляны шесть политических заключенных местной тюрьмы. Сделано это было якобы по устному приказу начальника штаба 2-й армии, т. е. Щепихина. Со слов Михеева, приказывалось расстрелять всех 16 заключенных, но он остальных пожалел и отпустил. В ходе расследования выяснилось, что исполнители расстрела Михеев и Степанов в те дни сильно пьянствовали, пребывая в маловменяемом состоянии. Свидетельства Михеева содержат внутреннее противоречие: в своем рапорте он не упоминал о каких-либо указаниях штаба армии о расстреле, а говорил лишь о приказе проводить эвакуацию. На допросе показал: «Я и решил ликвидировать арестованных и оставить город»[59]. Дежурный генерал штаба 2-й армии генерал-майор М. Н. Фукин, на которого также ссылался Михеев, показал, что никаких приказаний насчет арестованных не давал. Отдавался ли в действительности Щепихиным устный приказ о расстреле, неизвестно, и в дневнике он об этом не упоминает.

После смерти генерала В. О. Каппеля 26 января 1920 г. Войцеховский стал главнокомандующим Восточным фронтом белых. Щепихин 28 января занял пост его начальника штаба. В эмиграции генерал утверждал, что находился на этом посту с 26 декабря 1919 по 20 марта 1920 г., а затем стал начальником штаба войск Дальнего Востока[60]. Однако это не соответствует действительности.

В Забайкалье Щепихин с 27 февраля 1920 г. стал начальником штаба командующего войсками Российской восточной окраины. 27 апреля 1920 г. он получил знак отличия военного ордена «За Великий Сибирский поход» под номером 4. Его супруга, ехавшая вместе с отступавшей армией, в тот же день получила знак 2-й степени под номером 13 (нумерация была единой для всех степеней)[61].

Днем ранее, приказом войскам Российской восточной окраины № 197а от 26 апреля 1920 г., Щепихин был уволен с поста начальника штаба в шестимесячный отпуск для лечения за границей[62]. Формулировка являлась формальностью — генерал вспоминал, что оставить армию ему пришлось «из-за политических разногласий» с атаманом Г. М. Семеновым[63]. Отпускной билет Щепихина датирован 30 апреля того же года. В документах отмечено, что Щепихин увольнялся в отпуск за границу на полгода — по 30 октября 1920 г.

Уже 6 мая 1920 г. Щепихины вместе с генералом С. Н. Войцеховским выехали из Читы в белый Крым, куда Щепихин прибыл во время эвакуации белых. Маршрут пролегал через Харбин и Шанхай, далее морским путем через Суэцкий канал. Щепихин с супругой эвакуировались в Турцию и прожили в Константинополе до конца апреля 1921 г.[64]

Об эмигрантском периоде жизни С. А. Щепихина известно немного. 23 мая 1921 г. Щепихины за свой счет прибыли в Чехословакию. Поселились в Збраславе под Прагой (ныне — в черте города). Сохранилось описание дома, где жили Щепихины, оставленное их соседом, выдающимся философом Н. О. Лосским: «В Збраславе мы жили на набережной Влтавы в доме, принадлежавшем Ф. Прохазке. Часть нижнего этажа была отдана под ресторан, а остальные комнаты сдавались внаем, так что дом этот был подобием отеля и назывался „Velka Hospoda“. В „Velka Hospode“ комнаты сдавались по цене сравнительно дешевой, и многие русские эмигранты перебывали в нем: кроме нас там в различные периоды жили инженер-путеец Николай Николаевич Ипатьев (в доме которого в Екатеринбурге был убит государь Николай II и его семья) с женою, московский промышленник Евгений Павлович Свешников с семьею, проф. Ефим Лукьянович Зубашев с женою, В. В. Водовозов с женою Ольгою Александровною (дочерью профессора Введенского), проф. А. В. Фроловский с женою, генерал С. А. Щепихин с женою и сыном»[65]. Причем Щепихины перебрались из «Гран-пансиона» с плачевными бытовыми условиями именно в две комнаты Ипатьевых. Пансион, в котором разместилась семья, стал центром русской культурной жизни — здесь эмигранты устраивали литературные и музыкальные вечера («Збраславские пятницы»). Щепихин сотрудничал с кружком по изучению мировой войны при Русском народном университете[66].

Первое время Щепихины сильно бедствовали. Генералу приходилось зарабатывать на жизнь в качестве служащего и заведующего мастерской, контролера в ресторане[67]. Позднее (с 1925 г.) Щепихин смог устроиться бухгалтером в Русский заграничный исторический архив в Праге (РЗИА), где трудился порой даже сверхурочно (поскольку приезжал из Збраслава на работу с опозданием)[68]. Помогал (в том числе с трудоустройством) друг семьи генерал С. Н. Войцеховский, оставшийся и в Чехословакии на военной службе и занимавший руководящие посты в чехословацкой армии. Щепихин работал и в организации «Памятник освобождения», занимаясь военно-историческими исследованиями.

28 марта 1922 г. у Щепихиных в Праге родился сын Вадим (1922–1987). Незадолго до смерти, однако, вдова генерала призналась, что его настоящим отцом являлся генерал С. Н. Войцеховский, но ни Щепихин, ни Войцеховский об этом не знали[69].

По оценке советской разведки, данной летом 1924 г., Щепихин считался благорасположенным к эсерам[70]. Щепихин якобы был избран главой общества «Армия и народ», являвшегося скрытой формой офицерского союза. Членом правления организации также избрали эсера, полковника Ф. Е. Махина[71]. По-видимому, в силу социалистических симпатий отношения с военными организациями белой эмиграции у Щепихина