После прихода к власти нацистов в 1933 года Кёстнер в отличие от большинства своих коллег остался в стране. Он несколько раз допрашивался в гестапо и был исключён из Союза писателей. Его произведения были среди тех, что попали в костер на Опернплац в 1933 году как «противоречащие немецкому духу». Публикация произведений Кёстнера в Третьем рейхе была запрещена. Но Кёстнеру удалось опубликовать несколько книг в Швейцарии. Так в 1935 году вышел пересказ для детей знаменитой народной книги о Тиле Уленшпигеле.

Эрих Кёстнер не стремился к славе, но заслужил её. В 1960 году писатель был удостоен высшей международной награды в области детской литературы — медали Ганса Христиана Андерсена. В 1962 году Кёстнера избирают Почетным президентом Пен-центра ФРГ. В Германии существует Общество Кёстнера, учреждена литературная премия его имени.

Умер Эрих Кёстнер в 1974 году в Мюнхене.