VI назначил его своим legate a latere (временным легатом) во Франции. В результате во французской Церкви была создана, по сути, трехсторонняя система власти: король, Папа и кардинал-легат. Однако д'Амбуаз был предан интересам короля, и между ними не было конфликтов по поводу церковной политики. В полномочия кардинала как легата входило право утверждать десятину (субсидию взимаемую с духовенства в размере 10 % процентов от дохода) выплачиваемую королю, и похоже, он использовал своё влияние, чтобы отговорить Людовика от регулярных просьб об этом. Однако амбиции д'Амбуаза выходили далеко за рамки его важной роли в управлении французской Церковью. Многочисленные современники отмечали его жгучее стремление стать Папой. Говорили, что некоторые решения Людовика, касающиеся итальянских дел, принимались в основном с учётом того, как они могли бы повысить шансы его друга на избрание на этот пост[276]. На выборах 1503 года д'Амбуаз был близок к победе, но с тех пор у него больше не было шанса занять престол Святого Петра.

Роль д'Амбуаза в правительстве Людовика выходила за рамки внутренней политики и дел Церкви; он также был глубоко вовлечен во внешнюю политику в качестве дипломата и в течении четырех лет как губернатора Милана. Неудивительно, что во времена Людовика XII в народе ходила поговорка: "Это дело Жоржа!" ("Laissez faire à Georges!")[277]. В первые месяцы царствования нового короля парижские сатирики из корпорации Базош, резко критиковали его за то, что он предоставил слишком много власти Жоржу д'Амбуазу и его брату Луи, епископу Альби[278].

Когда д'Амбуаз отсутствовал при дворе, его роль в формировании политики в значительной степени переходила к Пьеру де Роану, маршалу де Жье, до его опалы в 1504 году[279]. Пьер происходил из младшей ветви очень влиятельной бретонской семьи и будучи правнуком Бонны Висконти являлся дальним родственником Людовика. Его отец умер вскоре после рождения Пьера в 1451 году, и он воспитывался при дворе Людовика XI, который несмотря на юный возраст наделил его высокими должностями, включая вручение маршальского жезла в 1476 году, когда Пьеру было всего двадцать пять лет. Поэтому он тесно связал свою судьбу с французской монархией, выступив против своих бретонских родственников и Людовика Орлеанского, но быстро вошёл в его ближайшее окружение после того, как последний взошёл на престол. Несмотря на занимаемую должность маршала, Пьер постоянно находился при дворе и был одним из самых частых участников Королевского Совета, пока опала не лишила его этого права.

Жье, д'Амбуаз, Рошфор, Поншер и Роберте были постоянными участниками Тайного Совета (Conseil Secret), также известного как Совет по Делам (Conseil des Affaires), поскольку его членов называли "людьми по делам Его Величества" (les gens des affaires de Sa Mayesté)[280]. Все важные вопросы, касающиеся войны, финансов, правосудия, покровительства и религии, сначала обсуждались на Тайном Совете, обычно собиравшегося рано утром в покоях короля. Только после принятия решения, или если принять решение не удалось, вопрос выносился на рассмотрение Совета Сторон (Conseil des Parties), расширенного варианта Тайного Совета. В июле 1498 года Людовик опубликовал список тех, кто имел право присутствовать на заседаниях Совета Сторон, проходивших во второй половине дня и часто без присутствия короля. В него входили принцы крови, епископы, высокопоставленные королевские чиновники и президенты Парламента. Редко когда большинство из них одновременно находилось при дворе, но когда предстояло обсудить действительно важные вопросы, такие как война, король ожидал, что большинство на совещание соберется.

Царствование Людовика XII стало переходным периодом, когда различие между двумя Королевскими Советами ещё не было четко определено, и порой важные вопросы выносились непосредственно на рассмотрение Тайного Совета. Однако по большей части решения принимала небольшая группа ближайших доверенных лиц короля, где было мало шансов на ожесточенный раскол, подобный тому, что произошел в Королевском Совете в 1484 году. Появление Тайного Совета стало ещё одним шагом к лишению феодальной аристократии её традиционного влияния на короля и к укреплению королевской власти. Тем не менее, Сейссель, определил главную мотивацию создания Тайного Совета, как значительно возросшую потребность в конфиденциальности, обеспечиваемую привлечением к государственным тайнам лишь небольшого числа людей[281].

Хотя посещаемость Тайного Совета была довольно стабильной, состав его членов значительно варьировался, поскольку на заседания приглашались видные дворяне, прелаты и королевские чиновники из отдалённых провинций, когда они приезжали ко двору. За первые шестнадцать месяцев царствования Людовика 66 человек подписали эдикты, принятые Советом Сторон, что указывало на их присутствие на одном или нескольких заседаниях, хотя многие заседания не привели к принятию какого-либо эдикта. Ровно половина этой группы подписала только один декрет из сорока известных на тот момент. Среди них были такие деятели, как первый президент Тулузского парламента и бретонский епископ. Жорж и Луи д'Амбуазы, Рошфор и Жье были наиболее частыми подписантами. Большинство из тех, кто посещал Совет Сторон в первые годы царствования Людовика, были активны и во времена Карла VIII[282].

К 1498 году многие судебные функции средневекового Королевского Совета перешли к отдельному институту — Большому Совету (Grand Conseil). Несмотря на то, что к 1300 году был создан отдельный судебный орган — Парламент, — Королевский Совет продолжал играть активную роль в рассмотрении дел, касающихся важных лиц или вопросов. Поскольку Совет странствовал вместе с королем, трудно было добиться быстрого рассмотрения и вынесения решений по делам. В Книгах жалоб сословий (Cahiers of the Estates) 1484 года содержался резкий протест по поводу сложившейся ситуацию. В 1497 году Карл VIII сделал важный шаг к созданию отдельного судебного органа, определив типы дел, которые он будет рассматривать, и разместив его в Париже, несмотря на решительные протесты со стороны Парламента. В начале своего царствования Людовик XII издал эдикт, устанавливающий состав Большого Совета в лице канцлера и восемнадцати магистратов. Король постановил, что дела, касающиеся лиц высокого положения и спорные выборы епископов и аббатов, должны отныне передаваться в Большой Совет[283]. Как и раньше это было с Парламентом, отсутствие короля в Большом Совете означало, что дела, имеющие большое значение из-за участвующих лиц или вопросов, по-прежнему обжаловались в Королевском Совете. Однако создание Большого Совета сократило судебную нагрузку на Королевский Совета. Но поскольку у Большого Совета не было сложившейся традиции независимости, развиваемой Парламентом на протяжении двух столетий, он гораздо реже оспаривал королевскую волю[284].

Несмотря на то, что Парламент являлся институтом королевской власти, он на удивление был от неё независим. Термин парламент в широком смысле может относиться к совокупности судебных институтов, расположенных по всей Франции, или, в узком, к Парижскому Парламенту, верховному судебному институту. Парламент возник из феодальной обязанности короля вершить правосудие с помощью своих дворян-вассалов. К середине XIII века объем поступающих дел, для рассмотрения лично королём и его Советом, стал слишком большим и специализированным, поэтому был создан отдельный судебный орган, парламент, получивший в Париже постоянную резиденцию в Пале-Рояль. Вскоре он начал функционировать как суд первой инстанции по делам, связанным с преступлениями против королевской персоны,